Stannis Baratheon es el hijo mediano de Sttefon Baratheon, hermano pequeño de Robert y mayor que Renly. Tras la muerte del Rey Robert el Trono de Hierro le corresponde por derecho puesto que su hermano murió sin herederos legítimos. Después de fallecer Robert, Stannis se embarca en una guerra para conseguir lo que le correspondería por derecho con la ayuda de Melisandre, una sacerdotisa que sirve al Dios Rojo y que ha llegado de Asshai.
Melisandre considera a Stannis el Azor Ahai, el salvador que librará a los Siete Reinos de Los Otros. Pero Melisandre se equivoca, Stannis no es el elegido, las profecías apuntan hacia un Targaryen, más concretamente hacia Daenerys y vuelca su magia y sus esfuerzos en la persona equivocada. Aún así la sacerdotisa roja pone las visiones de sus fuegos a las órdenes del que ella cree que debe ser el rey salvador.
Gracias a las visiones de Melisandre, Stannis viaja hacia El Muro librando a los Siete Reinos y a la Guardia de la Noche del ataque de los salvajes. Antes ha matado a su hermano Renly gracias a las artes oscuras de la bruja roja que es capaz de engendrar y dar a luz a un ser oscuro que se cuela en la tienda del hermano pequeño para asesinarle en presencia de Cathelyn y Brienne. Es un crimen y una culpa que le acompañará todo el camino.
Después de quitarse de enmedio a su hermano inicia el ataque contra los Lannister directamente en Desembarco del Rey. Allí, sin la compañía de Melisandre, acaba perdiendo la famosa batalla naval de Aguasnegras, el río de la capital. También tiene su gran mérito Tyrion y el fuego valyrio que manda fabricar a los piromantes.
A pesar de todo Stannis no se muestra muy convencido con el nuevo dios, como no estaba convencido de ningún otro pero muchos de sus hombres se convierten a la nueva fe. Sus enemigos y algunos de sus amigos ven con muy malos ojos su relación con el Dios Rojo, pero como cree en su causa no se apea de sus decisiones.
Stannis no tiene madera de Rey. En eso parece que sus dos hermanos estaban de acuerdo. Robert no le nombró heredero a él, ni siquiera le dejó la fortaleza de los Baratheon, Bastión de Tormentas, después de la guerra. Renly se quedó con ella mientras que Stannis tuvo que quedarse en Rocadragón, antiguo feudo de los Targaryen. Tiene fama de hombre, serio, rígido y estricto. Jamás cruza la línea, nunca se permite un exceso. Es muy distinto a sus dos hermanos, tan carismáticos y tan afables.
Está obsesionado con los desaires de los que ha sido víctima, bien reales o imaginarios y no tiene sentido del humor. Con su mujer Seysele mantiene una relación gélida a pesar de tener una hija, Shireen que está desfigurada por una enfermedad llamada psoriagrís. Sin embargo, con Melisandre mantiene una relación muy cercana, algo que en el libro solo se insinúa pero que en la serie es más que evidente.
Jugó un papel fundamental durante la rebelión de su hermano ya que fue capaz de aguantar el sitio de los Tyrell y los Redwyne en Bastión de Tormentas alimentándose de lo poco que podía conseguir un contrabandista llamado Davos al que después nombró caballero como agradecimiento y cortó los dedos como traficante.
Su compromiso con Melisandre llega hasta tal punto que modifica el estandarte de su casa. El venado coronado aparece en esta ocasión en rojo sobre un corazón ardiente.
